大阪大学で最初の附置研究所である微研は、全国の国立大学に設置された約100の附置研究所・研究センターの中でも有数の歴史を誇ります。1934年の設立から80年以上もの間、生物学・医科学分野における基礎科学研究を牽引してきました。
これまで麻疹ワクチン・水痘ワクチンの開発や、がん遺伝子の存在証明、自然免疫機構の解明など、傑出した研究成果を出し続けています。

2008年文部科学省により、個々の大学の枠を越えて大型の研究設備や大量の資料・データ等を全国の研究者が共同で利用したり、共同研究を行う「共同利用・共同研究」のシステムが制定されました。
大阪大学微生物病研究所は、2010年に全国共同利用・共同研究拠点として認定され、本研究所に集約・設置された感染症学・生体応答学の知識・技術・研究資源・研究施設を、我が国の広範な関係分野の研究者に提供し、多様な感染症に対応する先端的共同研究と人材育成を推進しています。

微研には、遺伝子の塩基配列を高速に読み出す最先端の次世代シークエンサーや、BSL(=Bio Safety Level) 2、3レベル（※2）という高度な実験が可能な感染動物実験施設など、最先端で安全な研究設備が整っています。研究者はこれらの恵まれた環境を最大限に活かし、より良い研究成果を出すべく毎日切磋琢磨しています。

※2: BSL=Bio Safaty Level
微生物・病原体の危険性に応じて4段階に定められた施設・実験室の格付け。たとえば、HIVやSARSなど危険性が高い病原体を扱う場合は排気装置や滅菌装置が整ったBSL3設備でのみ実験することが許されています。

微研の発足と同時に設立された微研財団ではワクチン等の製造・供給を担っています。微研財団との協力・連携により、微研での研究成果を社会貢献につなげられる体制が整っています。これまでの微研の研究成果が、水痘ワクチンや麻しんワクチンなどとして社会に還元されています。また2014年に設置されたBIKEN次世代ワクチン協働研究所では、安全性と有効性の高い次世代ワクチン開発研究が進められています。