遺伝情報実験センター  ゲノム解析室

感染症に対する防御法や治療法の開発には、病原体が病原性を発揮するメカニズムおよび宿主側の感染応答機構の双方の理解が必須です。ゲノム解析室は、これら感染症の病態について遺伝子レベルの解析を中心 とした研究支援・技術提供を行うために設置されました。大型計算機システムの情報基盤と遺伝情報解析技術を融合させ、次世代シークエンサーを用いて得られたデータの包括的・網羅的な解析を中心に研究支援を行っています。 また、感染症学・免疫分野のみならず、学内外様々な分野を対象にした研究支援も行っています。

次世代シークエンス受託解析サービス

近年、遺伝子の塩基配列を高速に読み出せる次世代シークエンサーの技術革新は目覚ましく、ゲノム情報を低コスト且つ短時間に解析することが可能になっています。最先端の次世代シークエンサー 、MiSeq、HiSeq(Illumina 社)、MinION(OxfordNanopore社)を整備し、研究者のニーズに合わせた遺伝子解析技術を提供し、最新機器の使用説明会や講習会開催を通じた研究支援も実施しています。

また、ゲノム情報解析分野や感染症メタゲノム研究分野との連携によりバイオインフォマティクスによる解析強化を図るべく研究を展開しています。

  • 次世代シークエンサーNovaSeq 6000 (illumina)とDNBSEQ-G400 (MGI)

  • シングルセル解析装置:Chromium™ Controller (10X Genomics)とRhapsody™ Express (BD)

メンバー

  • 室長:山﨑 晶(教授)(兼)
  • 特任准教授:中村 昇太(兼)
  • 特任准教授:奥崎 大介(兼)
  • 助教:元岡 大祐

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最近の代表的な論文

  • (1)Serine racemase enhances growth of colorectal cancer by producing pyruvate from serine. Ohshima K., ea al. Nat Metab. 2020 Jan;2(1):81-96.
    (2) Identification of a novel arthritis-associated osteoclast precursor macrophage regulated by FoxM. Hasegawa T., ea al. Nat Immunol. 2019 Dec;20(12):1631-1643.
    (3)UNAGI: an automated pipeline for nanopore full-length cDNA sequencing uncovers novel transcripts and isoforms in yeast. Al Kadi M., et al. Funct Integr Genomics. 2020 Jul;20(4):523-536.
    (4) Regnase-1 controls colon epithelial regeneration via regulation of mTOR and purine metabolism. Nagahama Y., et al. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Oct 23;115(43):11036-11041.