遺伝情報実験センター  ゲノム解析室

感染症に対する防御法や治療法の開発には、病原体が病原性を発揮するメカニズムおよび宿主側の感染応答機構の双方の理解が必須です。ゲノム解析室は、これら感染症の病態について遺伝子レベルの解析を中心 とした研究支援・技術提供を行うために設置されました。大型計算機システムの情報基盤と遺伝情報解析技術を融合させ、次世代シークエンサーを用いて得られたデータの包括的・網羅的な解析を中心に研究支援を行っています。 また、感染症学・免疫分野のみならず、学内外様々な分野を対象にした研究支援も行っています。

次世代シークエンス受託解析サービス

近年、遺伝子の塩基配列を高速に読み出せる次世代シークエンサーの技術革新は目覚ましく、ゲノム情報を低コスト且つ短時間に解析することが可能になっています。最先端の次世代シークエンサー 、MiSeq、HiSeq(Illumina 社)、MinION(OxfordNanopore社)を整備し、研究者のニーズに合わせた遺伝子解析技術を提供し、最新機器の使用説明会や講習会開催を通じた研究支援も実施しています。

また、ゲノム情報解析分野や感染症メタゲノム研究分野との連携によりバイオインフォマティクスによる解析強化を図るべく研究を展開しています。

  • 次世代シークエンサーNovaSeq 6000 (illumina)とDNBSEQ-G400 (MGI)

  • シングルセル解析装置:Chromium™ Controller (10X Genomics)とRhapsody™ Express (BD)

メンバー

  • 室長:山﨑 晶(教授)(兼)
  • 特任准教授:中村 昇太(兼)
  • 特任准教授:奥﨑 大介(兼)
  • 助教:元岡 大祐

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最近の代表的な論文

  • (1) Direct RNA Sequencing Unfolds the Complex Transcriptome of Vibrio parahaemolyticus . Al Kadi M. et al. mSystems. 2021 Dec 21;6(6):e0099621

    2) Identification of conserved SARS-CoV-2 spike epitopes that expand public cTfh clonotypes in mild COVID-19 patients. Lu X. et al. J Exp Med. 2021 Dec 6;218(12):e20211327

    3) Benchmark of 16S rRNA gene amplicon sequencing using Japanese gut microbiome data from the V1-V2 and V3-V4 primer sets. Kameoka S. et al. BMC Genomics. 2021 Jul 10;22(1):527

    4) Group 2 innate lymphoid cells support hematopoietic recovery under stress conditions . Sudo T. et al. J Exp Med. 2021 May 3;218(5):e20200817