当実験室は1983年に腎症候性出血熱（HFRS）ウイルスを取扱う施設として建築された。ヒト免疫不全ウイルス（HIV）を含めて、危険度の高い（クラス3）病原微生物を取扱う本研究所での研究はすべて当実験室で行われている。当実験室は平面積550㎡を有する３階建で、生物学的災害（バイオハザード）を防止するよう設計されている。各実験室はエアロックにより外部と隔離され、実験室内では外→内の気流を確保している。感染症実験操作は安全キャビネット内で行い、排気は高性能フィルターによって濾過滅菌される。各室にオートクレーブを設置し、実験使用物は完全滅菌を施した後に廃棄している。多様な病原体を同時に取り扱えるよう平成17年度から3年かけて全面的な改修を行い、部屋数を1.5倍に増やした。 感染症共同実験室の使用申請書を提出し病原体等安全管理委員会で承認された実験室使用者の数は平成24年度45名、25年度53名であった。使用病原体はHIV、インフルエンザウイルス、SARSウイルスなどのウイルスの他、スクレイピー病原体まで多岐に渡る。